食管克罗恩病主要是药物治疗和其它的治疗方法，当然癌变的也考虑手术治疗等综合的治疗措施。
药物治疗，如何使用皮脂类固醇类的，这类药物主要包括泼尼松或者布地奈德，布地奈德的抗炎作用应该是比较强的；以及免疫抑制剂的使用，如硫唑嘌呤、甲氨蝶呤等；还有一种属于氨基水杨酸类的制剂，它包括柳氮磺吡啶等。
其它的治疗措施包括抗分泌剂的使用，以及营养支持治疗等，当然，在必要的情况下，还是要考虑手术治疗，尤其是产生梗阻或者癌变的时候，以及穿孔的时候都是需要手术治疗。