扁桃体结石一般是通过手术治疗去除。
扁桃体结石形成是由于长期的慢性炎症以及扁桃体隐窝堵塞引起的，所以需要手术切除结石并且扁桃体也需要切除。如果不切除扁桃体单纯取石会使扁桃体上的空隙存留食物残渣，长期下去会出现慢性炎症反应，从而有可能结石复发。因此，需要同时手术切除扁桃体和结石。
除手术之外，还可以使用扁桃体按摩冲洗治疗，可冲洗出异物以及小结石，此治疗方法不能根除炎症，因此扁桃体结石有复发的可能。