扁桃体结石去除办法有以下几种：
1.扁桃体清洗术。多用于偶尔出现结石患者，这种结石往往是食物残渣滞留在扁桃体隐窝内，阻塞腺体分泌物出口导致。但是只能缓解症状不能根治，如果日常生活中不注意清洁还是会复发。
2.扁桃体切除术。多用于结石反复发作的人群，因食物残留于隐窝内阻塞隐窝口，使得黏液无法排出体外而蓄积，纤维细胞分泌大量纤维组织凝聚在一起形成结晶。结晶钙化后形成结石，只有切除扁桃体才能消除隐窝、避免物质蓄积。