乙肝小三阳的转阴，包括乙肝DNA的转阴和乙肝表面抗原的转阴。如果乙肝小三阳患者是乙肝携带者，这时不需要进行抗病毒治疗，乙肝DNA和乙肝表面抗原自发清除转阴的几率很低。
乙肝经过抗病毒治疗后，实现乙肝DNA的转阴是乙肝抗病毒治疗的良好效果。通过应用干扰素α皮下注射，或者是口服核苷酸类似物能够实现乙肝DNA转阴。
但是乙肝小三阳患者实现表面抗原的转阴，甚至是出现乙肝表面抗体就不太容易。乙肝患者抗病毒治疗要长疗程，干扰素α要使用48周。口服核苷酸类似物达到乙肝表面抗原转阴后，要再巩固一年半才能停药。