治萎缩性胃炎最好的药物，主要是一些中成药制剂，但是每个患者对药物的敏感性不同，可能选择的药物种类也有所不同。
对于该疾病最好的治疗方法是联合使用药物治疗，可以缩短疾病的治疗时间。临床当中比较常用的药物有抑制胃酸药物以及保护胃肠黏膜药物，包括硫糖铝片、胃康灵胶囊、胃康灵颗粒、胃酶素、胃泌素。
必要时还需要加用各种抗炎药物，包括阿莫西林、克拉霉素、甲硝唑等，具体药物的用量根据医嘱执行，在治疗过程中，也需要养成良好的生活习惯。