引起阴茎尿道疼痛的原因很多，常见的原因：
1.外伤。如果外伤伤到阴茎，可以引起阴茎尿道疼痛。
2.泌尿道感染，包括肾积水引起炎症、膀胱炎、尿道炎、睾丸附睾炎等等，感染的尿液刺激尿道黏膜，引起尿道疼痛。
3.尿道结石，尿道本身不会发生结石，尿道结石一般来源于肾脏或者膀胱。在结石排入尿道后，因尿道管径较细，不能排出体外，刺激尿道黏膜，引起疼痛。或者排尿不通畅导致膀胱尿潴留，引起尿道疼痛。
还有很多引起阴茎尿道疼痛的原因，在这里不能逐个说明，建议去本地正规医院的泌尿外科就诊。