做鼻内镜检查一般没有明显的副作用。鼻内镜检查主要是由手法比较成熟的、有丰富医疗经验的检查医师来进行检查，而且这个检查医师，是经过正规培训持有资格证上岗的，所以病人如果配合比较好，做鼻内镜检查很少造成副作用。
如果检查医师手法比较生硬，做检查做得比较粗糙，病人配合又比较差，而且病人鼻腔的状态不太好，有可能在做鼻内镜检查的时候造成病人鼻腔出血、鼻痛，以及病人恶心、呕吐等一些反应。
但是，这些检查的副作用都是暂时性的，检查过去以后，很少再有明显的其他的一些并发症。如果出血比较明显，而且鼻黏膜糜烂的情况下，会造成鼻腔粘连，鼻腔反复出血，这也可能是鼻内镜检查不理想的并发症。
所以，病人尽量地去三甲医院耳鼻喉科，专业的检查医师来做鼻内镜检查，减少不必要的并发症的发生。同时要积极配合医师检查，不要有任何的心理负担。