做鼻内镜检查的时候有可能会有一定的疼痛感。但是通常表现为轻微的刺痛，疼痛感的严重程度都在正常的人可耐受的范围内。
因为首先在做鼻内镜检查之前，医生都会对患者的鼻腔等部位使用局部的麻药处理。因此，进行检查的鼻腔内部等的组织结构，在麻醉的作用下，通常已经出现了感觉迟钝的现象，所以不会有较为明显的痛感。
另外，由于鼻内镜检查的配合度比较高，在检查的过程中鼻内镜触碰到鼻腔黏膜等部位的几率就比较小，也不会引发严重的疼痛感觉出现。