做电子肠镜一般不会有副作用，只要操作者仔细、认真规范进行检查，一般出现不了副作用。
电子肠镜一般是通过带有摄像头的软管或者是硬管，从肛门口的位置进入，在显示器上成像，并且具有一定的放大功能和图像的采集作用，然后在直视下进行肠道内部的观察。如果在进镜的过程当中，动作过于粗暴，也不排除会造成肠穿孔的情况，或者是发生黏膜组织的撕裂，进而有出血、腹部疼痛等相关的副作用。
电子肠镜检查以前，也一定要进行充分的肠道准备，排空肠道内的粪水，避免因为粪水的存留，无法完成电子肠镜的检查，或者是因为粪水的存留，视野不够清楚，造成疾病的漏诊。