新生儿幽门梗阻的治疗方式主要是手术治疗，这属于一种先天性的胃肠道畸形。在手术之前，可能需要经过3~5天的胃肠减压，观察患者的症状是否有缓解。
如果未见明显缓解，则需要给予手术治疗，可以做幽门成形手术以及胃食管吻合术。具体的手术方式以及手术路径，需要根据患者的梗阻严重程度以及畸形的程度来判定。
在手术以后要注意观察患者的生长发育状况，以及食欲情况。手术以后可以适当的根据孩子生长发育的需求，通过静脉输液的方式，补充所需要的营养物质。