肝脓肿是由细菌、溶组织阿米巴等病原微生物感染引起的肝脏化脓性疾病。肝脓肿主要传播途径如下：最主要也是最常见的方式是肝胆道传播，肝胆系统感染，如肝胆结石、寄生虫感染、细菌感染等可引起肝脓肿。
二是门静脉系统感染途径，腹腔感染可导致脓毒性栓子生成，脓毒性栓子可沿门静脉系统进入肝脏，引起肝脓肿，特别是肝硬化、糖尿病、恶性肿瘤等基础肝病患者。
一种特殊的阿米巴肝脓肿是由溶组织内阿米巴，通过门静脉系统到达肝脏，引起细胞融化和坏死而形成的脓肿，也称为阿米巴脓肿。淋巴系统感染也可引起肝脓肿。