细菌性肠炎的止痛主要是给患者合理使用解痉止痛的药物。
尤其是疼痛较为严重，并且排除阑尾炎、肠梗阻等肠道器质性病变后，可以使用阿托品等解痉药物来缓解症状。假如在疾病诊断不明确的情况下使用了止痛的药物，反而会耽误疾病的诊断以及疾病的治疗。
同时也需要合理使用抗生素，来促进疾病的恢复，可以给患者选择半合成的青霉素类药物，也可以选择喹诺酮类药物。如果是儿童出现细菌性肠炎，需要避免选择该类型的药物，以免出现不良反应。