肉瘿的治疗主要分为内治法和外治法，肉瘿一般是由于肝郁痰凝而引起的，治疗上主要以理气、解郁、化痰、软坚为主要治疗思路，临床上常用的中药有逍遥散合海藻玉壶汤加减。常用的中药有海藻、昆布、贝母、川芎、连翘、半夏、陈皮、青皮、当归、甘草等。
外治法主要为手术治疗和膏药外敷治疗，手术治疗在临床上比较适合年龄较大、病程较长的病人。外敷法适合肉瘿较小的患者，一般会使用阳和解凝膏渗黑退消进行外敷治疗。
另外，需要得了肉瘿的患者，要注意在日常生活中保持心情舒畅、避免忧思郁怒，尤其在饮食中要注意适当吃一些含碘食盐的食物。