除利尿、降压等一般对症治疗外，目前局灶节段性肾小球硬化的主要治疗药物为激素及细胞毒类药物。尽管疗效欠佳，但仍有部分患者经过激素治疗后，可以完全缓解或减少尿蛋白量。
综合文献报告，成人及儿童的局灶节段性肾小球硬化患者，经一个疗程激素治疗后，约有20%到35%患者可以完全缓解，尿蛋白减少者约为20%到40%。但由于本病的自然病程难以预测，不能肯定这些病例中没有自发缓解的现象。
有研究表明，激素与细胞毒类药物交替应用，可以提高局灶性肾小球硬化患者的治疗缓解率。细胞毒类药物与激素的合用，可使局灶节段性肾小球硬化的患者病情稳定，并能减少复发。
有人报告环孢素A对局灶节段性肾小球硬化的治疗缓解率可达20%到60%，比常规激素治疗的效果要好。然而在合并有肾功能损害的局灶节段性肾小球硬化患者应慎用，因为易导致肾毒性加重。