他主要损害肝脏，表现为肝细胞核肿胀、脂肪变性、出血、坏死以及胆管上皮、纤维组织增生，同时肾脏也可受到损害，主要表现为肾曲小管上皮细胞变性、坏死，有管型形成。早期有胃部不适、腹胀、厌食、呕吐、肠鸣音亢进、一过性发热及黄疸等。严重者2～3周内出现肝脾肿大、肝区疼痛、皮肤黏膜黄染、腹腔积液、下肢水肿、黄疸、血尿等。也可出现心脏扩大、肺水肿、胃肠道出血、昏迷甚至死亡。食品中所污染的主要是黄曲霉毒素B1，其毒性目前认为有三种临床特征：急性中毒、慢性中毒和致癌性。
急性中毒主要为肝损害所致，出现消化道症状，严重者出现水肿、昏迷以致死亡。慢性中毒，长期摄入小剂量的黄曲霉毒素则造成慢性中毒，主要变化为肝脏出现慢性损伤，如肝实质细胞变性、肝硬化等。致癌性，黄曲霉毒素是目前所知的致癌性最强的化学物质。