乳腺囊性增生的治疗大致分为以下几个阶段：
第一，如果单纯是一个囊肿，且囊肿体积不大，这时可以考虑吃药治疗，并观察，但用药要足量。可以吃一些比如平消胶囊、平消片等。也可以服用抗雌激素的药物治疗，像他莫昔芬，属于三苯氧胺片，治疗两三个月，在复查看看效果。
第二、如果发现囊肿增大，或者发现乳腺里有团块样的改变，有乳腺囊性增生肿块，在这种情况下就有必要做穿刺活检，或者有的就需要对于过大的囊肿行手术切除。因为有一部分囊性增生或者团块病变，会发生恶性病变，所以要防止恶变发展成乳腺癌。