直肠肛门损伤，有可能会引起肛瘘。
比如当肛门周围的锐器伤，经肛门周围组织而损伤至直肠腔内时，由于肠腔有大量的细菌，细菌通过直肠破口进入伤口时，就会引发伤口出现感染。而由于感染会持续不断的从直肠内进入伤口，所以会导致伤口无法愈合而形成肛瘘，但此时形成的肛瘘，其内口并不在肛隐窝，而在原直肠损伤处。
所以部分的直肠肛管损伤比较严重，在进行局部清创、缝合、修补的同时，需要进行乙状结肠造瘘，以防止持续的粪便污染，影响直肠肛门损伤创口的愈合。在创口愈合以后，再将造瘘口回纳，恢复正常的排便。