肛瘘经保守治疗，不会引起肛门失禁。大多数肛瘘手术也不会对肛门功能产生明显的影响，但个别复杂性的高位肛瘘，有可能会引起肛门不全失禁。
肛门是否失禁，是由肛门直肠环的完整程度决定的。肛门直肠环是由肛门内括约肌、外括约肌，以及肛门周围其它肌肉共同形成的。当肛门直肠环的部分结构受到破坏后，一般不会对其整体功能产生明显的影响。当肛门直肠环被破坏的部分较多时，有可能会引起肛门不全失禁。
低位肛瘘手术不会引起失禁；复杂性的高位肛瘘手术，可能对肛门直肠环的破坏略多，但一般不会引起完全失禁。