偏头疼发作的时候，可以通过以下检查明确诊断：
首先，建议患者可以通过头部影像学检查排除脑血管疾病、颅内的动脉瘤、血管畸形，及其他占位性病变等器质性疾病。
其次，还可以通过脑电图检查观察是否出现脑电图的改变，一般偏头痛的患者在发作期，或间歇期脑电图异常的发生率都比正常人要高。在偏头痛发作期，患者还可以通过经颅彩色多普勒，或TCD观察动脉收缩状态和脑血流的改变。
最后还应该结合患者主诉疼痛发作的特点，以及发作的频次、结合查体、是否有家族遗传史等进行诊断。