呼吸机主要是用于维持呼吸功能，改善呼吸衰竭程度，用于延长和挽救患者的生命。
有时呼吸机也是人工替代肺通气的办法，例如在大手术期间行全身麻醉时，也要呼吸机辅助呼吸的支持治疗。当因严重的呼吸系统、心脑血管疾病和神经系统疾病，导致严重低氧血症或二氧化碳潴留的呼吸衰竭时，也要予以呼吸机辅助呼吸，以改善临床症状和病情。
此外，呼吸机还可以用于心跳呼吸停止的心肺复苏过程中使用。部分严重的睡眠呼吸暂停综合征，也可以使用无创呼吸机辅助其睡眠治疗。