消化不良有可能可以自行痊愈，尤其是该疾病是因为饮食结构搭配不合理，导致患者出现消化不良症状时，可以适当地通过饮食结构的调整来促进疾病的恢复，此时完全自愈的可能性较大。
假如患者消化不良症状是有肠道的器质性病变时，此时完全自行痊愈的可能性较小，需要适当地给患者服用药物治疗或者是通过手术治疗的方式来改善症状。
具体治疗方式的选择，需要结合患者的自身情况来决定，也需要根据患者的病情变化动态调整用药进行治疗。