真菌性肠炎是有可能会出现溃疡的，溃疡也是真菌性肠炎的表现之一。
真菌性肠炎是由于肠道内深部出现了真菌感染，当真菌侵蚀肠道黏膜时，引起肠道出现糜烂甚至溃疡，严重时可出现坏死、穿孔，有可能会引起全身性的感染，形成中毒性的休克。
所以，形成真菌性肠炎后，要引起高度的重视，应用药物治疗，首先停用非抗菌药物，用抗真菌的药物，比如氟康唑、两性霉素B治疗，配合蒙脱石散修复受损的黏膜，促进溃疡面修复，给予肠道益生菌调节肠道内的菌群，综合治疗。