黄连素可以空腹吃。因为黄连素是一种中成药，具有抗炎作用，对于胃肠黏膜没有很大的刺激，因此可以空腹吃。
假如患者有慢性胃炎或者胃溃疡、十二指肠溃疡等疾病，不建议空腹口服。患有上述疾病的患者需要饭后服用，可以减少对胃肠黏膜的损伤，有利于症状的缓解。
黄连素可以用于急慢性肠炎以及细菌性痢疾等疾病的治疗，使用该药物治疗时，要注意观察患者的疾病恢复情况，并且需要调整饮食结构，选择一些既可以补充营养又对肠道刺激较小的食物。