慢性胃炎与功能性消化不良的区别，主要是在于疾病原因，以及患者的临床表现上，同时在治疗方面上也有所不同。
引起慢性胃炎比较常见的原因是幽门螺杆菌的感染。某些药物的刺激，也可能会使胃黏膜受损，引起慢性胃炎。功能性消化不良主要是因为精神因素或者饮食习惯不当，导致患者出现了胃胀、胃痛，以及消化不良等症状，一般没有肠道或者胃部的器质性病变。
在选择用药上，功能性消化不良，需要给患者调整饮食结构，并且口服助消化药物进行治疗，同时需要清淡饮食。