肛周脓肿自愈率很低。
肛周脓肿的转归多是形成肛瘘。在肛周脓肿早期，改善不良饮食习惯，多活动，避免如厕时间过长，及时清洁肛门和抗生素积极治疗的情况下，较少病例能够自愈。多见于肛周皮肤感染，毛囊炎形成较小，较浅的皮下脓肿，复发率也比较高。
多数脓肿在自行破溃或者接受外科手术切开引流后形成肛瘘，比例多达70%。接受挂线疗法和肛瘘切开术、肛瘘切除术后，多能痊愈。也有的肛周脓肿在确定内口和瘘管后，切除局部肛隐窝、内口和瘘管，能够达到一次性根治。