肛周脓肿一般并不会自愈，肛周脓肿是由于肛窦炎堵塞肛窦，致使肛腺分泌不畅而引发肛腺感染，再导致肛门周围一些间隙的感染。
肛周脓肿引发其产生的肛腺称之为脓肿的内口，也是感染源，肛周脓肿有些自身的抗感染能力，可以控制局部的症状，患者疼痛症状会出现消失。
但是其肛腺内口还是存在的，在肛周仔细还可以摸到硬结，这种硬结就像个定时炸弹，当细菌再次进入内口时，也会导致这个硬结再次出现急性感染，而出现脓肿的症状，最终都需要行手术治疗。