益智中药的功效一般有温脾止泻、开胃、固精补肾、改善记忆力等，临床上多用于治疗脾胃受寒而引起的腹部冷痛、呕吐泄泻、中气不足、不思饮食、遗精、遗尿、肾气不足、夜尿频多、记忆力减退等病症。
治疗遗精时，益智仁多搭配山药、乌梅等中药使用。治疗腹部冷痛、疝痛时，益智仁多配伍干姜、茴香、乌头、青皮等中药使用。治疗肾气虚寒、腹痛泄泻时，益智仁可搭配补骨脂、丁香等中药予以调理。
由于益智仁性温，故血虚血热、阴虚火旺的患者不宜服用太多。