根据蛋白尿的性质可以分为生理性蛋白尿和病理性蛋白尿。
生理性蛋白尿主要指在发热、剧烈运动、充血性心力衰竭之后出现的一过性的蛋白尿，患者的肾脏可以无器质性的病变。此外，还有一种特殊类型蛋白尿叫直立性蛋白尿，它常见于发育期青少年。当直立或脊柱前凸姿势时出现蛋白尿，卧位时尿蛋白消失。而根据蛋白尿的形成机制，可以分为肾小球性蛋白尿、肾小管性蛋白尿、溢出性蛋白尿以及组织性蛋白尿等。
肾小球性蛋白尿病变为肾小球基底膜电荷屏障破坏时，仅有白蛋白的滤过，形成以白蛋白为主的中小分子蛋白尿为主，称为选择性蛋白尿。
肾小管受损或功能紊乱时，抑制近端肾小管对正常滤过的蛋白质的重吸收，从而导致小分子蛋白质从尿中排出增多，形成肾小管性蛋白尿。而溢出性蛋白尿为血中小分子量蛋白，如多发性骨髓瘤轻链蛋白、血红蛋白和肌红蛋白等异常增多，经肾小球滤过而不能被肾小管重吸收所致。
组织性蛋白尿一般见于尿中肾脏分泌的蛋白增多，多见于肾和尿路的肿瘤和感染。