长期服用水蛭会出现皮肤红肿、瘙痒、恶心、呕吐、腹痛、腹泻、出血等副作用。水蛭具有毒性，入药时必须遵循医嘱。
水蛭具有极强的破血功效，可以促进血液循环，清除血管壁上附着的血栓。临床上主要用于治疗血瘀引发的疾病，如闭经、脑梗塞等。但身体健康的人服用水蛭，可能会导致皮肤过敏和出血，贫血的人服用水蛭副作用会更加严重。
水蛭会使人体血液凝固功能下降，一旦有出血症状，止血会极为困难。孕妇严禁服用水蛭，会造成胎儿流产。经期妇女也不能服用水蛭，防止经期经量过多导致贫血。