直肠肛瘘也不是很难治疗，主要就是通过手术进行治疗。
直肠肛瘘的发生主要就是由于肛窦受到了细菌的感染。在治疗不及时的情况下，或者是身体抵抗力下降的情况下，肛瘘感染进一步地蔓延，形成了肛门周围间隙的脓肿，脓肿发生自行地溃破或者是在人为切开放脓以后，也会形成肛瘘的状态。会在肛门口的位置形成溃口，溃口会出现流脓和流水的表现，可以刺激肛门周围的皮肤出现瘙痒、刺痛。
主要就是通过肛门局部的检查明确诊断，在诊断明确以后需要通过手术进行治疗。通过手术切除原发的感染内口，降低术后的复发率。