因为肛管炎是细菌感染所引起，肛门部位有很多细菌，所以肛管炎很难治愈。
因为肛管炎的形成与粪便的刺激有一定的关系，如经常出现便秘和反复性的腹泻，长时间的粪便刺激导致局部会出现细菌感染，而导致肛管炎很难彻底治愈，经常反复发作。尤其是存在有痔疮和肛窦炎的患者，因为肛窦炎局部的炎症会蔓延到肛管而引起肛管炎，痔疮脱出时会带出刺激性的粘液，从而造成肛管反复出现炎症。
临床治疗肛管炎可以通过口服抗生素，治疗肠炎和便秘，局部可用痔疮栓，需去除病因治疗，必要时可做手术。