巧克力囊肿一般不会出现恶变情况。巧克力囊肿它是子宫内膜异位症的一种，临床会表现为痛经，并且是逐渐加重趋势，一般的止疼药物很难达到治疗的作用。
巧克力囊肿的患者会出现不排卵影响生育，大多数到医院做彩超就可以明确诊断。有巧克力囊肿的患者，一般建议通过手术的方式进行治疗，治好以后定期复查，一般可以用药防止复发，所以巧克力囊肿的患者多数不会出现恶变情况。
一般临床有恶病变会出现回声异常，会出现回声呈强回声，会出现肿瘤标志物异常增高情况，这时需要通过抽血，通过彩超进一步确诊，来明确诊断。