食管梅毒的治疗，首先是要积极治疗患者的梅毒，因此可以选择青霉素、红霉素、四环素。
具体药物的用法用量要在临床医生的指导下，应用如果患者出现了胸痛，以及反流性食管炎的临床表现时，还需要给患者口服保护食管黏膜的药物，有利于症状的缓解。
如果同时有合并其它病原微生物感染时，还需要联合使用其它抗感染药物治疗。部分患者出现食管狭窄，可能需要进行食管扩张，必要时还可能需要开腹手术治疗。在治疗过程中，需要密切监测患者的病情变化。