桥本甲状腺炎不是因为缺碘，目前认为桥本甲状腺炎的发生是由于甲状腺自身抗体水平的升高造成的甲状腺组织被破坏。部分桥本甲状腺炎患者在完善检查后，只表现为相关抗体水平的升高，不伴有甲状腺激素水平的异常。
如果甲状腺抗体持续升高，便会造成大范围的甲状腺组织被破坏，而导致甲状腺激素分泌不足，会表现为促甲状腺激素水平升高，而甲状腺激素水平偏低。
如果是缺碘引起的甲状腺功能异常，一般情况下，仅表现为甲状腺激素水平的降低和促甲状腺激素水平的升高，但不会出现甲状腺自身抗体水平的升高，补充碘元素后甲功会逐渐恢复正常。