脑干脑炎的后遗症主要包括吞咽困难、言语障碍、眼球麻痹、智力下降、癫痫发作以及其他颅神经的损害。脑干脑炎是一种非感染性炎性疾病，主要是由于自身免疫异常所造成的。
患者可出现严重的神经功能缺失症状，除了一些局灶性的表现以外，严重的患者还可能会出现意识障碍。脑干脑炎的治疗主要是给予大剂量的糖皮质激素治疗。
此外，丙种球蛋白以及其他增强免疫力的药物也有一定的作用。同时，还可以给予B族维生素、甲钴胺等营养神经的药物治疗。总体来说，脑干脑炎的预后相对不良，需要给予及时的治疗以及后期的康复训练以减少后遗症的发生。