马钱子对肝肾有影响，此药毒性比较大，主要经肝肾代谢，所以会对肝功能造成一定的损害，又因其导致水、电解质酸中毒，对肾功能影响颇大，马钱子半衰期较长，且会在体内形成蓄积中毒。
但神经系统损害最大，轻度可导致患者头晕、头痛、舌麻、肌肉抽搐等，此时应立即停药，并送到医院检查治疗。如果剂量再大，可引起全身肌肉强直性收缩、痉挛、耳鸣、耳聋、牙关紧闭，甚至会出现破伤风样苦笑面容。重度的可引起呼吸困难、呼吸肌麻痹，甚至心脏骤停导致死亡。
该药临症多以复方使用，据临床经验，此药配伍较大剂量的白芍、生地等，可减低其毒性，减少副作用的发生。