长期喝瞿麦泡水有害，容易导致肾阳虚、腹泻、腹痛、小便清长、手脚冰凉等。瞿麦主要具有清热利水、破血通经的功效，治疗小便不通、淋病、水肿、经闭、目赤、障翳、浸淫、疮毒等。
临床上广泛用于治疗肾病水肿、前列腺炎、泌尿系统感染、月经延迟、皮肤疾病等，但是性寒，长期使用可能导致阳气亏虚，而出现全身怕冷、饮食无味、恶心、呕吐、全身无力、腹痛、腹胀、腹泻、尿频、小便清长等。还可能导致出血、血虚等症，如心悸、胸闷、大便出血、小便出血、皮肤黏膜出血，以及口唇、指甲、皮肤苍白等。
药物有或寒或热的偏性，治病是以偏就偏，所以治疗应该适量使用。