肛瘘的治疗方法，包括非手术治疗和手术治疗。
非手术治疗主要是以药物治疗为主，对于一些高龄患者无法耐受手术，或者没有条件手术的情况下，可以采用非手术治疗。通过药物控制肛瘘的局部症状，但并不能根治，症状仍然会反复发作。
手术治疗，肛瘘最终都需要通过手术，才能完全治愈。肛瘘按瘘管的位置高低分为低位肛瘘和高位肛瘘。低位肛瘘一般行肛瘘瘘管切开或者肛瘘瘘管切除术，而高位肛瘘需要行挂线术。