首先对于肛瘘的治疗主要是以手术治疗为主，保守治疗基本无效。
而在选择手术方法方面，最主要还是需要依据具体的肛瘘类型而决定，比如对于低位肛瘘，最好的方法就是进行肛瘘切开术。因为该方法切开后只损伤外括约肌皮下部和浅部，不会出现术后肛门失禁。
如果对于已经纤维化的低位单纯性肛瘘和低位复杂性肛瘘，可以考虑进行肛瘘切除术。而切开挂线术适用于距离肛门3到5厘米内，内、外口高位单纯性肛瘘，前位低位单纯性肛瘘或者作为复杂性肛瘘切开、切除的辅助治疗。