在临床上，肛瘘比较常用的手术方式有以下几种：
第一、肛瘘瘘管切开术，一般适用于低位肛瘘，瘘管以及内口都比较明确，探针可以顺利从外口探路，内口探出的。
第二、肛瘘瘘管剔除术，对于一些低位肛瘘，瘘管完全粘连较细的低位瘘管，探针无法探入，可以采用肛瘘瘘管剔除术。
第三、主灶切开支管旷置术，对于一些复杂性，肛瘘内口只有单个的，可以将主灶内口打开其它瘘管予以旷置。
第四、挂线术，对于一些高位的肛瘘无法行单纯切开或者剔除的，可以行挂线术，防止术后肛门失禁。