首先，是手术治疗。伤寒肠穿孔是伤寒的并发症之一。多发生在病程的第二到第三种，在此阶段肠壁的淋巴组织炎性反应最为显著。一旦因肠功能不好、肠腔或者是蛔虫扰动，很容易诱发伤寒肠穿孔。
一经诊断，即应该在条件许可的情况下积极做好术前准备。及时进行剖腹探查和手术治疗。因患者体质较差，病情严重，手术应该采用时间短操作简单，对机体干扰小对组织破坏少的手术方法。穿孔修补和腹腔引流手术操作简单，都能达到以上要求，不要轻易的进行肠切除，如果患者病情极为严重不具备手术的条件，可以采取盆腔引流术，同时，给予足量高效的抗生素控制感染，以加强肠胃外营养支持。进行必要的对症治疗，争取病情稳定后再进行手术。
剖腹探查，一般采用右下腹切口探查，必须彻底为原则，80%的窗口在回盲瓣50厘米以内。末端回肠的对系膜缘。部分小肠血液循环最差，肠壁相对较薄，承受的压力较大，而易于穿孔。伤寒穿孔，多为圆形或者是椭圆形。充血肿胀表面覆盖纤维素轮胎小肠系膜淋巴结肿大。
为了提高手术的治疗，可以进行可靠的缝合之外，还应该强调必须切除腹腔内凹陷的和可能残存的脓汁，以减少细菌的残存。放置腹腔引流，以减少细菌感染和毒素的吸收给予有效的抗生素和知识治疗，提高机体的抗病能力。
由于肠穿孔难于耐受，较大手术创伤原则上应该采用最简单的手术方式，尽快的完成手术。这些都是伤寒肠穿孔的治疗方法。
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