在患者感染尼帕病毒后，可能表现为一系列的后遗症，例如患者可能会出现病毒性心肌炎、病毒性肺炎，如果患者的病情严重，还容易出现病毒性脑炎，表现为恶心、呕吐、剧烈头痛等症状，甚至会出现意识模糊，也有一些患者由于尼帕病毒发作陷入昏迷。
如果患者经过积极治疗，病情能够改善，但是也有一些患者治疗后还存在后遗症，例如人格改变、反复发作癫痫病等，甚至还有一些患者有智力下降等临床表现。
患者在出现尼帕病毒后，一定要注意密切隔离治疗，避免疾病互相传播。