现在临床上治疗尼帕病毒，主要通过西医的治疗，暂时还没有适合的中药。
临床上可以根据感染情况，使用广谱的抗病毒药物治疗，还要根据病情特点，综合治疗。如果有细菌感染，除了口服抗病毒药物外，还要口服抗生素类药物，例如头孢、氧氟沙星类药物等。如果在感染尼帕病毒后，同时有发热症状，可以通过非甾体类的抗炎类药物治疗。
很多患者通过这些治疗方法改善症状，但是严重的可能会出现不良后果或者其他后遗症，例如智力低下、性格改变、癫痫病等。