高位复杂性肛瘘一般保守治疗效果很差， 临床上主要采取外科手术治疗。
常见的手术方法包括如下两种：
1.切割挂线手术。用于克罗恩氏病引起的肛瘘。这种肛瘘可能会做永久性的引流挂线手术。把切割挂线手术作为最后一步。该手术数是有可能会对病人造成严重后果。临床上不作为首选治疗方法。
2全括约肌保留手术。具体手术术式包括瘘管切除推移瓣手术、瘘管结扎手术以及三间隙引流手术。全括约肌保留手术，可以降低术后肛门功能损伤程度，现在临床作为高位复杂性肛瘘的首选治疗方法。