先天性肥厚性幽门狭窄的患者可以慢跑，但是需要避免剧烈的运动、避免在餐后立即跑步，否则有可能会导致患者出现呕吐症状。
患者在餐后立即跑步，有可能会导致胃肠道蠕动功能的异常，也可能会使幽门梗阻症状加重。适当跑步可以增强机体的免疫力，避免患者反复受到病原微生物的感染。该疾病的患者除了可以跑步以外，也可以适当地做广播体操、练瑜伽、跳广场舞或者跳绳。
如果患者有出现喷射性的呕吐，并且通过保守治疗症状没有改善时，需要及时地到医院就诊，有可能需要手术治疗。