由于导致双肾出现隐隐作痛的原因比较多，就需要尽可能针对病因进行治疗或者对症治疗。
1.在急性肾功能衰竭、急性肾小球肾炎、慢性肾小球肾炎急性发作等，使肾脏体积增大，出现症状。治疗包括尽快纠正电解质紊乱、纠正酸中毒、改善肾脏缺血、解除梗阻、利尿消肿、控制血压、消炎对症等。
2.肾结石或者肾积水引起者，可以通过口服排石颗粒、多饮水、多运动的方式促进小结石排出，大的结石需要考虑体外碎石或者手术取石治疗。
3.巨大的肾囊肿也会出现隐隐作痛。当囊肿体积增大，造成肾脏实质受压，需要通过介入治疗、囊肿引流手术等。先天性的单肾发育不良，或者一个肾脏切除，另外一个肾脏代谢性肥大，就要做好肾脏保护，避免劳累和大量进水。
4.肾脏的肿瘤破坏引起的疼痛，以手术治疗为主。
5.腰肌劳损或者腰椎间盘突出、腰椎骨质增生引起者，需要休息或者牵引、手术治疗。