导致右肾隐隐作痛的原因可以有以下几个方面：
1.泌尿系统感染。尤其是上尿路的感染及肾盂肾炎发生时，会出现右侧的肾区隐隐作痛。常常会伴随尿路刺激症状，如尿频、尿急、尿痛以及腰痛和肾虚的明显叩击痛。化验检查有明显的尿常规异常，见到脓白细胞较多。
2.泌尿系统结石。包括肾盂、肾盏以及右侧输尿管的结石发生后，尤其是出现局部的梗阻，导致轻中度的肾积水，会引起右侧的肾区隐隐作痛。
3.当感染性疾病合并右肾的周围炎、肾周积水和积脓时，也可以导致右肾出现隐隐作痛。
4.当肾脏周围的脏器发生感染或者其他病变，会影响到右肾而出现隐隐作痛，如肝、胆的疾病等。