双肾隐隐作痛原因如下：
1.多囊肾。通常双侧肾脏出现大大小小囊腔，囊肿增大过程中，肾脏体积也逐渐增大，会牵拉包膜引起隐痛。
2.肾小球肾炎。比如常见的有急性肾炎、肾病综合征、IgA肾病等，往往表现的是双侧弥漫性肾小球病变。尤其是当劳累以后，症状更加明显，但不会是剧烈腰痛，一般与体位无关。
3.肾积水。当双侧泌尿系统出现梗阻时，肾盂中尿液排泄受阻，双侧肾盂在扩张过程中会导致肾脏体积增大。
4.肾下垂。有些患者除了双肾隐痛以外，还会伴随腹胀、血尿等。