肺胸膜阿米巴病是溶组织阿米巴原虫感染引起的肺及胸膜化脓性的炎症，诊断该病后药物治疗主要如下：
一、对于咳嗽、咳痰、胸痛、呼吸困难、发热的患者，给予止咳、化痰、平喘、退热、止痛治疗。
二、抗感染药物的应用，主要是甲硝唑，5到10天为一疗程，必要时可重复应用。重症的患者应静脉给药，还可应用甲硝磺酰咪唑，三天一疗程。
三、也可局部胸腔内注射甲硝唑，同时引流积液，利于疾病的早期恢复合并细菌感染时，还应加用抗生素。