伪膜性肠炎是由两种毒素引起的：
一种是难辨梭状芽孢杆菌，它是与抗生素有关的伪膜性肠炎的一个重要原因。在粪便中，难辨梭状芽孢杆菌可高达10%至20%的厌氧细菌，产生大量的外毒素，引起粘膜死亡，渗出性炎症与假膜形成。这种外毒素几乎存在于所有膜性肠炎的粪便中。
2.凝固酶阳性溶血性耐药金黄色葡萄球菌，当使用大量广谱抗生素时，抑制肠道菌群包括大肠杆菌、多种菌群和耐药金黄色葡萄球菌产生外毒素，导致假膜性肠炎的发生。